隨著增值稅發(fā)票管理新系統(tǒng)的全面推行，具備了取消增值稅發(fā)票認證的基礎(chǔ)條件。2016年3月起，稅務(wù)總局決定取消納稅信用A級納稅人發(fā)票認證，5月起擴大了取消發(fā)票認證的納稅人范圍。相應(yīng)地需要對紅字專用發(fā)票開具規(guī)定中與發(fā)票認證相關(guān)的內(nèi)容進行修訂。自2016年7月1日起貨物運輸業(yè)增值稅專用發(fā)票停止使用，需要廢止原開具紅字貨運專用發(fā)票的相關(guān)規(guī)定。

　　增值稅一般納稅人開具增值稅專用發(fā)票(以下簡稱專用發(fā)票)后，發(fā)生銷貨退回、開票有誤、應(yīng)稅服務(wù)中止等情形但不符合發(fā)票作廢條件，或者因銷貨部分退回及發(fā)生銷售折讓，需要開具紅字專用發(fā)票的，按以下方法處理：

　　(一)購買方取得專用發(fā)票已用于申報抵扣的，購買方可在增值稅發(fā)票管理新系統(tǒng)(以下簡稱新系統(tǒng))中填開并上傳《開具紅字增值稅專用發(fā)票信息表》(以下簡稱《信息表》)，在填開《信息表》時不填寫相對應(yīng)的藍字專用發(fā)票信息，應(yīng)暫依《信息表》所列增值稅稅額從當期進項稅額中轉(zhuǎn)出，待取得銷售方開具的紅字專用發(fā)票后，與《信息表》一并作為記賬憑證。專用發(fā)票未用于申報抵扣、發(fā)票聯(lián)或抵扣聯(lián)無法退回的，購買方填開《信息表》時應(yīng)填寫相對應(yīng)的藍字專用發(fā)票信息。

　　銷售方開具專用發(fā)票尚未交付購買方，以及購買方未用于申報抵扣并將發(fā)票聯(lián)及抵扣聯(lián)退回的，銷售方可在新系統(tǒng)中填開并上傳《信息表》。銷售方填開《信息表》時應(yīng)填寫相對應(yīng)的藍字專用發(fā)票信息。

　　(二)主管稅務(wù)機關(guān)通過網(wǎng)絡(luò)接收納稅人上傳的《信息表》，系統(tǒng)自動校驗通過后，生成帶有“紅字發(fā)票信息表編號”的《信息表》，并將信息同步至納稅人端系統(tǒng)中。

　　(三)銷售方憑稅務(wù)機關(guān)系統(tǒng)校驗通過的《信息表》開具紅字專用發(fā)票，在新系統(tǒng)中以銷項負數(shù)開具。紅字專用發(fā)票應(yīng)與《信息表》一一對應(yīng)。

　　(四)納稅人也可憑《信息表》電子信息或紙質(zhì)資料到稅務(wù)機關(guān)對《信息表》內(nèi)容進行系統(tǒng)校驗。

　　稅務(wù)機關(guān)為小規(guī)模納稅人代開專用發(fā)票，需要開具紅字專用發(fā)票的，按照一般納稅人開具紅字專用發(fā)票的方法處理。納稅人需要開具紅字增值稅普通發(fā)票的，可以在所對應(yīng)的藍字發(fā)票金額范圍內(nèi)開具多份紅字發(fā)票。紅字機動車銷售統(tǒng)一發(fā)票需與原藍字機動車銷售統(tǒng)一發(fā)票一一對應(yīng)。

　　按照《國家稅務(wù)總局關(guān)于納稅人認定或登記為一般納稅人前進項稅額抵扣問題的公告》(國家稅務(wù)總局公告2015年第59號)的規(guī)定，需要開具紅字專用發(fā)票的，按照本公告規(guī)定執(zhí)行。