會計集中核算對于核算部門的工作積極性有著一定的影響。在企業(yè)財務管理實施會計核算制度過后，各個部門的資金使用全部都經(jīng)由一個集體賬戶來對其進行核算，并且通過核算中心對各個部門的各項收支以及資金配置情況進行相應的審核，這樣就能夠有效的控制企業(yè)資金在劃撥時出現(xiàn)濫支濫用情況，極大的限制了企業(yè)資金劃撥的隨意性。然而在企業(yè)財務會計集中核算制度落實的時候，集中核算制度的推行是對其財務管轄權(quán)的削弱，嚴重的限制了他們對于資金進行配置自主權(quán)，這就使得其積極性受到了打擊，主要表現(xiàn)在這么幾點：

　　開虛假發(fā)票。利用開虛假發(fā)票，對資金進行套取，在落實會計集中核算之后，因為財務管理跟不上會計核算腳步，核算中心對于資金活動的監(jiān)督過程中，具有辨別票據(jù)真假能力，但是沒有對其票據(jù)中經(jīng)濟活動事項真?zhèn)巫R別的能力，在對各個單位的進行資金配置的時候主要也是依據(jù)票據(jù)而定。這就使得有些部門乘虛而入。利用虛假發(fā)票來套取資金，因為套取的資金沒有得到有效的監(jiān)管，那么必然會出現(xiàn)腐敗的現(xiàn)象。

　　核算單位資金配置不合理。核算部門喪失了對于資金的控制權(quán)，那么也就意味著他們不用再為企業(yè)財務管理負責，從而也就沒有充分考慮資金申請的合理性，預算是不是過多，申報資金是不是在公司承受范圍內(nèi)，從而導致用支無度的情況出現(xiàn)。

　　缺乏理財意識。因為在落實集中核算后，有的核算部門認為財務核算工作應該由核算中心來負責，從而就導致其喪失了對于資產(chǎn)管理的積極性，沒有專人對其進行管理，致使資產(chǎn)管理一片混亂。

　　相關部門沒有在工作中進行有效的溝通，形成配合。會計集中核算讓企業(yè)財務有了新的分工，將會計職能以及財務管理職能給劃分到了結(jié)算、核算中心，各司其職，這樣讓兩個部門在工作中缺乏一定的溝通，不能夠形成有效配合，但是財務管理的基礎是有效的會計核算數(shù)據(jù)，僅僅是憑借每月一次的會計報表，而沒有良好的配合，會讓財務管理工作的難度增加。

　　另一方面，將分工細化讓各個部門所負責的工作性質(zhì)與職責也存在一定的差異，預算申請以及下發(fā)費用、項目內(nèi)容以及資金使用情況也各不相同。有些部門單位報賬的會計素質(zhì)偏低，對于會計業(yè)務不是非常熟悉，在進行報賬的時候沒有明細資金性質(zhì)以及開支等基本信息，這就讓中心人員在進行核算的時候非常困難，使得會計信息不夠精準，甚至出現(xiàn)了違背規(guī)章制度的情況，這樣在領導階層來做出企業(yè)發(fā)展決策的時候，就不能夠提供精準的信息。

　　單位內(nèi)部財務監(jiān)督機制不夠完善，導致財務管理出現(xiàn)混亂。因為企業(yè)實施會計集中核算，那么單位財務也是通過核算中心來進行核算，這就使得單位財務部被壓縮，僅僅只留下報賬人員，負責會計與出納，這就使得單位內(nèi)部監(jiān)督機制被削弱，使得貪污腐敗之風盛行。另一方面，財務核算中心對單位實施代理記賬，雖然也有著一定的監(jiān)督作用，但是“事無巨細”，需要保留一些財務執(zhí)行力，對此，就造成單位內(nèi)部把關不嚴，從而影響到別的部門發(fā)展。